简并引物是指代表编码单个氨基酸所有不同碱基序列可能性引物的混合物。PCR为了增加特异性，可以参考密码子使用表，根据不同生物的碱基使用偏好，减少简并性。简并度越低，产物特异性越强，设计引物时应尽量选择简并性小的氨基酸，并避免引物3’末端简并。氨基酸 密码子数 M、W 1 个；C、D、E、F、H、K、N、Q、Y 2个； I 3个； A、G、P、T、V 4个； L、R、S 6个
为什么要设计简并引物？
简并引物通俗的讲是不完全相同的引物序列的混合物。使用简并引物是为了增强引物的通用性，即不同DNA序列的目的基因都可以用这种引物进行PCR扩增。其定义是为了获得序列未完全清楚的核酸的一种引物设计方案，特点是所设计的引物序列某位置的核苷酸可以分别是两个或两个以上不同的碱基，结果所合成的引物是该位置上不同序列的混合物。设计原则是把代表编码单个氨基酸所有不同碱基可能性的不同序列等比例混合。反之，如果为了增加特异性，可以参考密码子使用表，根据不同生物的碱基使用偏好，减少简并性。
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